学术讲座：辩别调控控制不同生物过程和复杂性状的基因
2014年 学术交流报告
报告题目：辩别调控控制不同生物过程和复杂性状的基因（Identification of Genes Controling Various Biological Processes and Complex Traits.）
报 告 人：卫海荣 副教授（美国密歇根理工大学）
时间：2014年5月22日（星期四）下午 15:00
地点：生物楼201
主办单位：生物科学与技术学院
林木育种国家工程实验室
个人简历
姓名： 卫海荣
职务： 密歇根理工大学副教授
单位： 森林资源与环境科学学院
生物技术研究中心
计算机科学系（兼职）
霍顿，密歇根 49931
联系电话：（906）487-1473
传真: （906）487-2915
电子邮箱: hairong@mtu.edu
个人网页：http://www.mtu.edu/forest/about/faculty/wei/
研究兴趣：生物信息，分子生物学和植物育种
• 通过基因网络的构建和分解辨别控制复杂性状的基因
• 控制木质素生物合成的分层基因网络
• 控制杨树根系的生长和发育分层基因网络
• 算法和软件开发
• 生物数据库设计和开发
• 林木遗传育种
学历和教育背景
1. 博士 植物分子生物学，夏威夷大学
2. 硕士 计算机科学，芝加哥大学
3. 硕士 林木遗传与育种，北京林业大学，
4. 学士 水土保持，北京林业大学
5. 博士后 生物信息学，美国明尼苏达大学
6. 博士后 生物统计学，阿拉巴马大学伯明翰分校
工作经历
2014～ 至今 副教授，密歇根理工大学，霍顿，密西根州
2008～ 2013 助理教授，密歇根理工大学，霍顿，密西根州
2006～2008 生物信息学开发研究员，Wicell 公司，麦迪逊，威斯康星州
2005～2006 生物信息学科学家，Operon生物技术公司，亨茨维尔，阿拉巴马州
2004～2005 博士后，生物统计学，阿拉巴马州，伯明翰，阿拉巴马大学
2003～2004年 博士后研究，生物信息学，明尼苏达大学，明尼阿波利斯，明尼苏达州
1996～2001年 助理研究员，植物分子。夏威夷大学生物学，檀香山，夏威夷州
1995～1996年 助理研究员，植物遗传学，夏威夷大学，檀香山，夏威夷州。
1989～1995年 助理教授及讲师，森林遗传学，北京林业大学
部份发表论文 （累计影响因子 166, 文章被引用 1618 次）
1) Li, X, C. Gunasekara, Y. Guo, H. Zhang, L. Lei, S. Tunlaya-Anukit, V. Busov, V. Chiang, and H. Wei.2014. Pop’s Pipes: poplar gene expression data analysis pipelines. Tree Genetics & Genome (Accepted)
2) Wei, H. Y. Yordan, S. Kumari, T. Georgieva, V. Busov. 2013. Genetic networks involved in poplar root response to low nitrogen. Plant Signal and Behavior.(https://www.landesbioscience.com/journals/psb/article/27211/)
3) Lin, Y.C.*, Li, W., Sun, Y.H., Kumari, S., Wei, H., Li, Q.Z., Tunlaya-Anukit, S., Sederoff, R.R., andChiang, V.L. (2013). SND1 transcription factor-directed quantitative functional hierarchical genetic regulatory network in wood formation in Populus trichocarpa. Plant Cell 25(11) 4324-4341.
4) Li, J. H. Wei, and P. Zhao. 2013. GPLEXUS: Enable genome-scale gene regulatory network analysisfor plants through ultrafast mutual information computing and filtering. Nucleic Acids Research.Online now: 42(5): e32 doi:10.1093/nar/gkt983.
5) Wei, H. Y. Yordan, T. Georgieva, X. Li, V. Busov. 2013. Nitrogen deprivation promotes Populus root growth via global transcriptomic reprogramming and activation of hierarchical genetic networks. New Phytologist 200 (2): 483-497.
6) Lu, S., Li, Q., Wei, H., Chang, M.J., Anukit, S.T., Kim, H., Liu, J., Song, J., Sun, Y.H., Yuan, L., Yeh,T.F., Peszlen, I., Ralph, J. Sederoff, R.R., Chiang, V.L. 2013. Ptr-miR397a is a negative regulator of laccase genes affecting lignin content in Populus trichocarpa. Proc Natl Acad Sci USA 110 (26)10848-10853.
7) Li, J, H. Wei and P. X. Zhao. 2013. DeGNServer: Deciphering genome-scale gene networks through high performance reverse engineering analysis. Biomed Research International 2013 (2013), ArticleID 856325
8) Wei, H. J. Gou, Y. Yordanov, H. Zhang, R. Thakur, W. Jones, A. Burton. 2013. Global transcriptome profiling of aspen trees under elevated [CO2] for identifying potential molecular mechanisms responsible for enhanced growth. Journal of Plant Research. V126, No 2: 305-320.
9) Kumari, S., J. Nie,, H.S. Chen, R. Stewart, H. Ma, X. Li, M. Lu, W.M. Taylor, and H. Wei. 2012.Evaluation of gene association methods for coexpression network construction and biological knowledge discovery. PLoS ONE 7(11): e50411. doi:10.1371/journal.pone.0050411. 0050411.
10) Nie, J., R. Stewart, F. Ruan, J. Thomson, H. Zhang, X. Cui and H. Wei. 2011. TF-Cluster: a pipeline for identifying functionally coordinated transcription factors via network decomposition of the shared coexpression connectivity matrix (SCCM). BMC Systems Biology, 5:53.
11) Cui, X, T. Wang, H.S. Chen, V. Busov and H. Wei. 2010. TF-Finder: A software package for identifying transcription factors involved in biological processes using microarray data and existing knowledge base. BMC Bioinformatics, 11:425.
12) Wei, H., P. F. Kuan, S. Tian, C. Yang, J. Nie, S. Sengupta, V. Ruotti, G. Jonsdottir, S. Keles, J. Thomson and R. Stewart. 2008. A study of the relationships between oligonucleotide properties and hybridization intensities in NimbleGen platform. Nucleic Acids Research, Vol. 36, No. 9:2926-2938.
13) Ming, R., S. Hou, Y. Feng, Q. Yu, A. Dionne-Laporte, J. Saw, P. Senin, W. Wang, S. Salzberg, X.Wang, E. Lyons, D. Rice, M. Riley, R. Skelton, J. Murray, C. Chen, M. Eustice, E. Tong, H. Albert, R.E. Paull, M.-L. Wang, Y. Zhu, M. Schatz, N. Nagarajan, R. Agbayani, P. Guan, A. Blas, J. Wang, J.-K.Na, T. Michael, E. V. Shakirov, B. Haas, J. Thimmapuram, D. Nelson, H. Tang, J. E. Bowers, J. Suzuki,S. Tripathi, K. Neupane, H. Wei, R. Singh, B. Irikura, N. Jiang, W. Zhang, K. Wall, G. Presting, A.Gschwend, Y. Li, A. Windsor, R. N. Pérez, M. J. Torres, F. A. Feltus, B. Porter, M. Paidi, M.-C. Luo, L.Liu, D. Christopher, P. H. Moore, T. Sugimura, C. dePamphilis, J. Jiang, M. Schuler, T. Mitchell-Olds,D. Shippen, J. Palmer, M. R. Freeling, A. H. Paterson, D. Gonsalves, L. Wang and M. Alam. 2008. Thedraft genome of the transgenic tropical fruit tree papaya, Carica papaya. Nature, Vol. 452, No.7190:991-996.
14) Pan, P., S. Tian, J. Nie, C. Yang, V. Ruotti, H. Wei, G. Jonsdottir, R. Stewart, and J. Thomson. 2007.Whole genome analysis of Histone H3 lysine 4 and lysine 27 methylation in human embryonic stemcells. Cell Stem Cell, Vol. 1, No 3:299~312.
15) Wei, H, S. Persson, T. Mehta, V. Srinivasasainagendra, L. Chen, G. Page, C. Somerville, A. Loraine.2006. Transcriptional coordination of the metabolic network in Arabidopsis thaliana. Plant Physiology.142(2):762-74.
16) Persson, S., H. Wei, J. Milne, G. Page, C. Somerville. 2005. Identification of genes required forcellulose synthesis by regression analysis of public microarray data sets. Proc Natl Acad Sci USA, 102:8633-8638. (This is a Faculty 1000 Prime's peer-recommended article)
17) Wei, H., Y. Kaznessis. 2005. Inferring gene regulatory relationships by combining target-target pattern recognition and regulator-specific motif examination. Biotechnology and Bioengineering. Vol. 89, No1: 53-77.
18) Lee, K.M., S. Bhawan, T. Majima, H. Wei, V. Kumar. 2003. Cutting Edge: The NK cell receptor 2B4 augments Ag-specific CTL activity through CD48 ligation on neighboring T cells. Journal of Immunology. Vol.170, No 10: 4881.
19) Wei, H., H. Albert and P. Moore. 2003. Comparative expression analysis of two sugarcane polyubiquitin promoters and flanking sequences in transgenic plants. Journal of Plant Physiology 160,1241-1251.
20) Wei, H., H. Albert and P. Moore. 1999. Differential expression of sugarcane polyubiquitin gene and isolation of promoters from two highly expressed members of the gene family. Journal of Plant Physiology, Vol. 155, p513-519.
软件开发
1. TF-Finder (http://sys.bio.mtu.edu/software.php). BMC Bioinformatics, 2010.
2. TF-Cluster (http://sys.bio.mtu.edu/software.php). BMC System Biology, 2011.
3. DeGNServer (http://plantgrn.noble.org/DeGNServer/). Biomed Research International, 2013.
4. GPLUXUS (http://plantgrn.noble.org/GPLEXUS/). Nucleic Acid Research, 2013
5. 8GAM: Eight gene association methods for constructing co-expression network
(R script: http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0050411)
6. Pop’s Pipes (http://sys.bio.mtu.edu/index.php). Submitted in 2014.
7. Top-down GGM and Bottom-up GGM algorithms. To be submitted in 2013.
专利
1. Albert, H and H. Wei. Sugarcane Ubi9 gene promoter and methods of use thereof. 2004, U.S. Patent
No. 6706948 (http://www.uspto.gov). (This patent was licensed by one of the biggest agricultural
company).
2. Albert, H and H. Wei. Promoter of the sugarcane Ubi9 gene. 2004. U.S. Patent No. 6686513 B1
(http://www.uspto.gov).
3. Albert, H and H. Wei. Promoter of the sugarcane Ubi4 Gene. 2003. U.S. Patent No. 6638766
(http://www.uspto.gov).
课程和教学 （密西根理工大所教课程）
1. FW4099 生物信息技术及编程, 秋季 2009, 2011, 2013
2. FW5082 基因表达数据分析, 秋季 2010, 2012
3. CS2321 数据结构和JAVA, 春季 2011
4. FW5510 R 编程和图象, 春季 2012
5. BMB6030 高级分子生物和化学实验, 春季 2013，2014
6. FW3320 遗传学基础, 春季 2013
7. FW3200 生物测量技术和数据分析，春季 2014
研究生与访问学者
博士后： 1 人
博士研究生： 3 人；
硕士研究生： 3 人
访问教授/学者总人数：4 人次
兼职和服务
1. 杂志编委
The Frontier of Plant Physiology 2011 ~ present
JSM Cell, 2013 - present
2. 植物基因组大会顾问委员会
3. 美国植物生理协会专业会员
4. 国际计算生物学专业会员
5. 密歇根理工大学任职
森林资源学院环境学院计算机委员会委员 (2012~ 现在)
森林资源与环境学院国际合作委员会委员 （2011~ 现在）
分子生物学与生物化学（BMB）指导委员会（2012~ 现在）
生物技术邀请委员会（2011-2013 年）的会员。
战略招聘计划委员会（SFHI）（2009-2012 年）