（一）中心隶属关系

工程中心主管部门为国家发展与改革委员会，日常业务接受教育部的指导。工程中心依托北京林业大学建设，以生物学、林学、生态学、水土保持、林业工程等学科作为支撑，是相对独立的实体化研发机构。

（二）日常运行

工程中心实行理事会会领导，管理委员会和技术委员会指导下的主任负责制。主任全面负责平台的运行管理，副主任具体负责中心的建设、运行管理、人事、财务、安全、检查评估、外联、产教融合、政产学研用合作等事宜。

（三）人员管理

工程中心研发队伍由固定人员和流动人员组成。中心现有固定人员205人，来自于生物学院、林学院、水保学院等7个二级学院、部门和共建单位（2个）；流动人员135人，由外部专家和博士后研究人员组成。